2004年9月22日上午，长666.1米的地铁五号线17合同段——东四站到灯市口站区间东线贯通。地面沉降控制在5毫米内，日最快掘进量22.8米，月最快掘进量265米。

2005年8月11日上午10时，由德国贝尔芬格伯格公司和北京建工集团联合体施工的五号线17合同段东单站至东四站全线贯通。这是整条五号线唯一由中外公司联合施工的合同段。

2005年11月11日上午，北京地铁5号线在惠新西街北口站正式开始全线铺轨。

2006年4月19日，地铁五号线上施工难度最大的雍和宫站贯通。该站完全依靠人工15个月的日夜连续施工修建完成。

2006年4月13日，地铁5号线竣工前的时刻表全部排定。

2006年7月底轨道全部贯通，2006年9月份将开始安装屏蔽门。

2007年4月，地铁5号线进行空载试运行。

2007年9月20日，地铁5号线由于工程尚未完工，未按原定计划开通运营。

2007年10月7日14时对外试运营。

2007年11月23日，由于5号线地上部分旁的居民反映噪音扰民，5号线开始补装隔音设备。

2008年6月9日，5号线以及其他北京地铁线路启用自动售检票（AFC）系统。