莫斯科地铁也存在一些问题，例如，乘客们指出，与西方一些国家的地铁不同，莫斯科地铁里既没有厕所，也没有小吃部或咖啡馆。地铁站大多数电梯已经运行了半个多世纪，而且是超负荷地运转，尤其是在高峰时刻，但是工厂已经很久没有生产电梯的零配件。经常发生因电梯出现故障而停运的情况。地铁列车有时在两站之间的区间停驶。地铁的卫生状况也不如从前，一些乘客的公德下降，随便往地下扔垃圾。1996年6月甚至在地铁发生爆炸事件，造成4人死亡，8人受伤。

    苏联政府曾经规定，凡是人口超过100万的城市都应该建造地铁。现在，除了莫斯科以外，拥有“地下大动脉”的还有圣彼得堡、下诺夫哥罗德、新西伯利亚、叶卡捷琳堡、萨马拉等城市。