未来的扩展及改革

      现阶段纽约地铁有一个正在计划中的扩展——第二大道地铁线。这条路线早在1920年代就被计划提出了，但不幸的因为各种理由被多次的延迟。初步的建造在1970年代便已开始，但是后来因为纽约市府的财政困难而被迫停止。在中国城、东村、以及上东城都有一小部分有被保存下来，但是那些轨道太短了所以并没有被使用。

      纽约大都会运输署最近开始了一个二十年的地铁自动化的计划。从BMT Canarsie线(L)开始，运输署计划要将大部分的纽约地铁都自动化。自动化计划使用One Person Train Operation(OPTO)与Communications-based Train Control(CBTC)。自动化将会为纽约地铁带来成本、运行安全、以及系统可靠性改善的好处。自动化计划曾经在1959年实验于42街接驳线上，但是在1964年4月24日因为在大中央车站起火的缘故而取消了。

      自从2005年7月22日的伦敦地铁爆炸事件，纽约市警局(New York City Police Department, NYPD)开始在纽约地铁系统里随机抽查地铁乘客的随身包包。但是被一些人批评为无效且有种族歧视嫌疑的举动。North Country Gazette)

路线及列车路线
      A线车位于Howard Beach通往肯尼迪国际机场的车站
      位于下城的地铁站入口主条目: 纽约地铁命名规则以及纽约地铁路线列表
      现今世界上大部分的地铁系统的行车路线都是非常固定的，所以行车线(Line)与行车路线(Route)有著同等的意义。但是纽约地铁在这方面却是与众不同，由于其历史关系所以在这方面较为复杂。行车线(Line)指的是一些实体的轨道路线的合体，而行车路线(Route)则是指运行在行车在线两个终点站中间的列车路线。行车路线(Route)也叫做服务路线，这些服务路线以英文字母或是数字来分别，而行车线(Line)则有名称。
       举例说明: D车、D行车路线、和D服务路线可以被口语的称为D线，但是实际上D线经过了以下的行车线:
布朗士区的汇集线;
曼哈顿的第八大道线，第六大道线,以及Chrystie街通道;
以及布鲁克林的第四大道线及West End线。
纽约地铁共有26条列车服务路线，其中包括三条短程接驳线。每条路线各有分配一个颜色，代表著该路线在曼哈顿的主路线。布鲁克林-皇后区 跨城慢车服务路线(G)虽然不进入曼哈顿，但是还是有被分配到一个标示颜色，其他所有的接驳线的标示颜色都是深灰色。每条服务路线都会以其在曼哈顿所走的主线来命名及标示颜色，再细分快车以及慢车。一般的服务路线标示都是以一圆圈表示，如果是菱形标示则代表特别服务路线，例如在尖峰时间会有特别的快车服务在原本的慢车路在线运行。较旧的列车的服务路线标示只会显示终点站与起点站，当R44与R46车种被重修时装置了车侧电子显示频幕。所有1999年之后购入的列车全车都配备电子显示装置以及电脑广播系统。

路线列表
A (IRT)   
1 百老汇大道-第七大道慢车  
2 第七大道快车  
3 第七大道快车  
4 莱辛顿大道快车  
5 莱辛顿大道快车  
6 莱辛顿大道慢车  
7 法拉盛慢车  
S 42街接驳线  
B (BMT/ IND)   A 第八大道快车  
C 第八大道慢车  
E 第八大道慢车  
B 第六大道快车  
D 第六大道快车  
F 第六大道慢车  
V 第六大道慢车  
G 布鲁克林-皇后区跨城慢车  
J 纳苏街快车  
M 纳苏街慢车  
Z 纳苏街快车  
L 14街-Canarsie慢车  
N 百老汇大道快车  
Q 百老汇大道快车  
R 百老汇大道慢车  
W 百老汇大道慢车  
S - 法兰克林接驳线  
S - 洛克威公园接驳线  
C  非对外营运区域，包括维护轨及机车厂。
至2002年，纽约地铁拥有全世界最多的地铁列车数，总数超过6,400辆车厢。自从IND的诞生开始纽约市以及其他部门自1948年开始所购入的车厢都以R后接号码为列车统一编号，例如R32。R代表Revenue，即是营运、收入之义，但现在也可指Rolling Stock(字面上为滚动库存，延伸为地铁车厢之义)。而后接的号码则为购买合约上的最后二或三位数。拥有相近编号的车厢有可能在一切规格上完全相同，只是签订的购买合约不同。
纽约地铁系统下有两种不同的列车种类。一种是为了IRT系统，另一种则为BMT/IND系统。所有IRT的设备都是8呎9吋(2.67米)宽、51呎(15.5米)长，而所有BMT/IND设备都是10英呎(3米)宽、60或75(18.4或22.8米)英呎长。虽然两个系统的轨道是完全兼容的，但是因为当初IRT系统在建造时使用了较小的设计。这种结果是因为IRT在开始之初便决定使用与早已存在的高架铁路的较小设计。这种较小的设计与较旧的费城、波士顿、以及芝加哥地铁系统设计相符合。当BRT(BMT前身)于1913年宣布其系统将会使用一种较宽的设计，提高的乘客搭载量得到了大量的认可，所以在那之后所有建造的系统都使用新的较宽大的设计以容纳新设计的列车。其实实际上绝大部分的IRT路线是可以使用较大的BMT/IND列车的，但是会需要庞大的月台以及轨道旁设施的修改工程经费，所以最后并没有让两个系统完全同规格。线在正在计划中的第二大道线已经包含了对一段旧有的IRT路线修改的工程计划。