改革开放以后，尤其是十一届三中全会以后，保护四合院的呼声越来越强烈，除了对列入各级文物保护单位的四合院加大保护力度以外，对普通四合院的保护也被提上了议事日程。

1980年时北京全市保存较好的四合院共有805处(不包括国家级及市级文物保护单位)，其中外城96处，内城709处，其分布多集中在东四三条至八条、西四北一条至八条、地安门南锣鼓巷以及景山、交道口、朝阳门、丰盛街道办事处所辖范围。

2002年北京市公布了25片历史文化名城保护范围，这为保护北京这座有几千年历史的古城提供了法规依据。这25片历史文化保护区多数都在老城区，历史悠久，大批明清时候留下的四合院保存完整。如南锣鼓巷的四合院，是北京最早的四合院聚集区，也是北京旧城典型的传统四合院地区。南锣鼓巷地区建于元代，虽经数百年变迁，仍保持着元代珍贵的“鱼骨式”胡同格局，在老北京城胡同系统中是最完整的。

西四北头条至八条、东四三条至八条也保存着大量早期的四合院。这两个地区也建于元代，经明清两代保存下来。这一地区的胡同排列整齐，四合院布局规整，是老北京城典型的传统四合院区，至今仍保留着一定数量的较好的四合院。在西四北头条至八条，有程砚秋故居等4处市级文物保护单位，有一定历史价值的四合院或建筑40处。位于东四六条的崇礼住宅，为国家重点文物保护单位，占地近1公顷，享有东城府郧之冠的赞誉，具有极高的历史和艺术价值。东四四条5号院、六条55号院、八条71号院均为区级文物保护单位。

为了更好的保护北京四合院，有关部门还对旧城内具有一定保护价值的明清时代遗留下来的四合院实行了蓝牌保护制度。蓝牌保护制度是在需要保护的四合院大门上以政府的名义在显著位置永久性钉上一块蓝牌，蓝牌上面印有“北京市四合院保护院落××××号”字样。挂蓝牌的四合院不许进行拆迁和随意翻建，房屋和院落要保持原来四合院的面貌和肌理。

2003年，北京市对经过文保部门精心筛选出来的200个现状较好的四合院实施挂牌保护政策，东城区东四十二条39号四合院成为北京市第一个挂牌保护四合院，序号是0001。市委书记刘淇亲自出席了挂牌仪式，并和几十位嘉宾一起饶有兴致地参观了这个院落。市委书记亲自为四合院保护院落钉上蓝牌，昭显了北京市政府保护“中国盒子”的决心和力度。

截止到2005年，北京城区公示了三个批次的蓝牌保护院落，658个传统四合院被钉上了蓝牌，其中东城区最多，共有333个；崇文区最少，共有80个；剩下西城区154个，宣武区91个。走在北京城区的胡同里，时不时就能看到挂有蓝牌标志的四合院，住在这种四合院里的居民不用担心以后会拆迁，他们将在老祖宗遗留下来的房产里悠然自得的度过自己的一生。

时间进入到2007年，随着北京迎接奥运的氛围越来越浓厚，一场从未有过的大规模四合院仿古修缮工作一反常态的在悄无声息中拉开了序幕。大批的民工队伍开进了内城四个老城区，一辆又一辆载着青砖灰瓦的卡车不分昼夜的开进城里。没有隆重的开工仪式，报纸和电视上也没出现专门的报道。人们只是在自己的眼睛里看到了胡同里的脚手架和大批一身风尘的农民工。